أسفرت القرعة للمرحلة الثالثة عن المواجهات التالية حيث الفريق الأول هو صاحب مباراة الذهاب في سبتمبر بينما مباراة الإياب يستضيفها البلد الثاني في أكتوبر:
مالي × بتسوانا
زيمبابوي × أنجولا
غانا × مالاوي
ليبريا × نيجيريا
زامبيا × أوغندا
الرأس الأخضر × الكاميرون
موزابيق × المغرب
سيراليون × تونس
غينيا × النيجر
السودان × أثيوبيا
ليبيا × الجزائر
كوت ديفوار × السنغال
جمهورية الكونغو الديمقراطية × غينيا الاستوائية
الجابون × توجو
أفريقيا الوسطى × بوركينا فاسو